過去の本店移転・商号変更が未登記ならどうする？｜2028年3月31日までの対応

第3話の棚卸しで、2012年当時の本店住所のまま残っている土地が見つかった。しかし会社はその後、本店を3回移転し、商号も1回変更している──。

こうした案件は、第4話で扱った通常の申請手続とは別の準備が要ります。第5話は、過去に積み上がった未了変更をどう復旧するかだけを扱います。

2026年4月1日より前の未登記は2028年3月31日まで

施行日前に生じた変更も義務化の対象ですが、経過措置により猶予期間が設けられています。改正法附則第5条第7項は、施行日前の変更についても不動産登記法第76条の5を適用したうえで、「変更があった日」を「変更があった日または施行日のいずれか遅い日」と読み替える構造をとっており、法務省は施行日前の変更で変更登記がされていないものについて令和10年（2028年）3月31日までに変更登記をする必要があると案内しています。

通常案件と過去未了案件は何が違うのか

まず「登記上の旧表示→現在表示」の履歴を復元する

最初の作業は、登記記録に残っている表示がいつの時点のものかを特定し、そこから現在までの経緯を時系列に並べることです。

図1：履歴復元のイメージ

履歴の復元に使うのは、商業登記の現在事項全部証明書・履歴事項全部証明書・閉鎖事項証明書です。履歴事項全部証明書には保存期間の制約があるため、古い変更まで遡る場合は閉鎖事項証明書や閉鎖登記簿謄本が必要になることがあります。社内の沿革資料は手がかりにはなりますが、それだけで法的な事実を確定させないでください。

複数回変更している場合、申請書には何を書くのか

法務局が公開している法人向けの記載例は、原因欄について「会社の登記事項証明書に記載されている商号又は本店を変更した日」を記載するとしたうえで、数回変更している場合は、最後に変更した日を記載しますと明記しています。変更後の事項欄には、現在の商号または本店を記載します。

つまり、A→B→C→Dと3回移転していても、申請書上は「令和○年○月○日本店移転」（C→Dの日付）として、現在のDへ直す形になります。3件に分けて順番に申請していく必要はありません。

図2：申請書の記載と、確認が必要な連続性

会社法人等番号だけで履歴を証明できる場合

法務省のQ&Aによれば、会社法人等番号を提供することにより、法人の住所を証する情報や名称変更等を証する情報の提供を省略することができます。過去未了案件で問題になるのは、その省略が閉鎖登記記録に記録された事項にまで及ぶかです。

同Q&A（Q18-1）は、住所の変更事項等が閉鎖登記記録に記録されている場合であっても、会社法人等番号を提供すれば、次の閉鎖事項証明書の提供を省略することができるとしています。

したがって、複数回の変更があること自体は、閉鎖事項証明書を必ず取得しなければならない理由にはなりません。まず現在の会社法人等番号との関係を確認するのが正しい順序です。

閉鎖事項証明書が必要になる場合

一方、法務省のQ&A（Q18-2）は、閉鎖事項証明書に現在の会社法人等番号とは異なる会社法人等番号が記載されている場合には、省略することができないとしています。

その理由として同Q&Aが挙げているのが、番号の付け替えです。平成24年5月20日（外国会社にあっては平成27年3月1日）以前の法人の登記においては、組織変更や他の登記所の管轄区域内への本店の移転の登記等をする場合には、会社法人等番号が変更されていたと説明されています。そして、この変更前の会社法人等番号が記録された登記記録に住所の移転の事項が記録されているときは、現在の会社法人等番号の提供に加えて、住所の移転の事項を確認することができる閉鎖事項証明書または閉鎖登記簿謄本を提供する必要があるとされています。

なお、法務局の記載例も同じ方向の注記を置いており、商号を複数回変更している場合や管轄登記所を異にする本店移転をしている場合には現在の登記事項証明書では変更を証明できないことがあるとし、それでも変更の経緯を証明できない場合には、申請する不動産を管轄する登記所に事前に相談するよう案内しています。過去未了案件では、この事前相談を工程に織り込んでおくと安全です。

平成24年5月20日以前の管轄外本店移転に注意

企業実務に引き直すと、注意すべきなのは次の組み合わせです。

図3：会社法人等番号が変わっている可能性の見取り図

不動産によって旧表示が違う場合

企業で最も起きやすいのがこれです。取得時期がばらついていれば、登記されている表示も物件ごとに違います。

ケースEについて補足します。本店移転の際に本社ビルだけ手当てして、工場・社宅・遊休地が残ったというのは典型的な発生パターンです。過去の申請書控え、司法書士からの完了書類、登記完了証、当時の請求書、社内稟議などから「どの物件だけ処理したか」が分かる場合がありますが、これらは補助資料です。最終的には現在の登記記録で確認してください。

合併・会社分割を履歴に挟んでいたら別処理

履歴の途中に組織再編がある場合は、単純な表示変更として現在の名義まで直せるとは限りません。たとえばA株式会社が商号変更でB株式会社となり、その後C株式会社に吸収合併されたのであれば、所有主体そのものが承継されています。この場合に必要なのは表示の変更登記ではなく、承継を原因とする所有権移転登記です。

吸収合併・新設合併・吸収分割・新設分割・事業譲渡は、いずれもこの区別が問題になります。一方、持分会社と株式会社の間の組織変更、持分会社間の種類変更、特例有限会社から株式会社への移行などは、名義人の同一性が保たれる類型として別の扱いになります。履歴に組織再編・組織変更が含まれる場合は、まずその類型を確認してください。

過去分がスマート変更登記で処理される場合

法人について実際にスマート変更登記が開始されたのは2026年5月15日です（制度そのものの施行日である2026年4月1日とは別の日付です）。

過去未了案件だからといって、必ず自社で申請しなければならないわけではありません。法務省の案内によれば、法人のスマート変更登記は次の場合に不動産登記システムへ変更情報が提供され、順次、登記官の職権による変更登記が行われるとされています。

つまり、過去の変更であっても職権登記の対象になり得ます。旧表示を発見したら、いきなり申請書を作るのではなく、まず会社法人等番号が所有権の登記事項として登記されているか、すでに職権で登記されていないかを確認してください。

自社申請か、職権登記を待つか、専門家に依頼するか

図4：過去未了案件の判断フロー（企業実務上の目安であり、法令上定められた手順ではありません）

専門家への依頼を検討しやすいのは、本店移転が3回以上ある、商号変更と本店移転が混在している、平成24年5月20日以前に管轄外へ本店移転している、会社法人等番号が途中で変わっている、閉鎖事項証明書を複数取得する必要がある、合併・会社分割が履歴に挟まる、物件ごとに旧表示が違う、全国複数管轄にわたる、物件数が数十以上ある、職権登記の完了前に売却・抵当権抹消等を行う必要がある、といったケースです。もっとも、これは法的な基準ではなく、社内の工数と期限を踏まえた判断材料です。

2028年3月31日対応の5フェーズ

図5：過去未了案件プロジェクトの5フェーズ

時間がかかるのはフェーズ2と3です。証明書の取得と読み解きが必要で、社内資料の照会も入ります。逆にここが終われば、フェーズ4は管轄ごとの事務作業になります。スケジュールを引くときは、フェーズ2・3に厚めの期間を置いてください。

過去未了案件管理表

第2話の期限管理表が変更イベント単位、第3話の確認台帳が不動産単位であるのに対し、この管理表は是正案件単位です。物件ごとに証明ルートと対応方法が違うため、独立した表として持つほうが管理しやすくなります。

法務部が今確認するチェックリスト

まとめ

ここまでで、過去に積み上がった未了変更を見つけて直すところまでが揃いました。次に必要なのは、同じことを繰り返さない仕組みです。その入口が、会社法人等番号を不動産登記に入れておくこと。次の記事で、その申出の手続を扱います。

よくある質問（FAQ）

参考資料・一次資料

本記事は2026年8月27日時点で公開されている法令および法務省・法務局の資料に基づく一般的な情報提供です。過去の変更履歴が複雑な案件では、証明資料の要否が個別事情により異なります。実際の申請にあたっては、対象不動産を管轄する登記所または司法書士にご確認ください。