本店移転・商号変更をした会社が確認すべき不動産登記｜登記漏れを防ぐ実務

第3話の棚卸しで、工場用地3筆と社宅1棟が旧本店のまま残っていることが分かった。では、次に何をすればよいのか。

第4話は、旧表示が見つかったあとの申請実務を扱います。制度の全体像は第1話、期限の考え方は第2話にあります。ここでは繰り返さず、何を、誰が、どこに、いくらで申請するのかに集中します。

図1：旧表示の発見から登記完了までの10ステップ（企業実務上の推奨フローであり、法令上定められた手順ではありません）

本店移転・商号変更で申請する不動産登記

本店を移転しても、商号を変更しても、法人自体は同じです。所有者が入れ替わったわけではないので、申請するのは所有権移転登記ではなく、登記名義人の表示を直す変更登記です。

登記の目的の「○番」は、甲区の何番の所有権の登記名義人について変更するのかを示す順位番号です。法務局の記載例では、付記登記がある場合でも主番号のみを記載するとされています。

申請前に確認する5つの情報

申請書を作る前に、次の5点を確定させます。ここが埋まっていれば、申請書の記載はほぼ機械的に決まります。

申請書には何を書くか

法務局は「登記名義人住所・氏名変更登記申請書（会社の商号又は本店を変更又は移転した場合）」の様式と記載例を公開しています。主要な記載事項は次のとおりです。

書面申請の場合、申請書はA4の用紙を使用し、他の添付情報と共に左とじで提出します。複数枚にわたる場合はつづり目に契印が必要です。郵送による申請も可能で、その場合は封筒の表面に「不動産登記申請書在中」と記載して書留郵便で送付するよう案内されています。

添付情報｜会社法人等番号で何を省略できるか

法人実務で最も効くのがここです。法務省のQ&Aによれば、会社法人等番号を有する法人が不動産登記を申請する場合には、会社法人等番号を提供しなければならないのが原則です。そのうえで、会社法人等番号を提供することにより、住所を証する情報、法人の名称変更等を証する情報、法人の合併による承継を証する情報などの提供を省略することができるとされています。

ただし、「会社法人等番号を書けば添付書類が全部不要になる」わけではありません。省略できる範囲には明確な例外があります。

法務局の記載例も同じ方向で、商号を複数回変更している場合や管轄登記所を異にする本店移転をしている場合には、現在の登記事項証明書（履歴事項証明書）では変更を証明できないことがあるとし、その場合は登記記録上の表示から現在までの経緯が分かる閉鎖事項証明書等を添付するよう案内しています。それでも経緯を証明できない場合には、申請する不動産を管轄する登記所に事前に相談するよう明記されています。

商業登記と不動産登記の順序

商業・法人登記の変更と不動産登記の申請をどの順序で進めるかは、実務上よく問題になります。法務省のQ&Aは、法人登記を申請している場合に会社法人等番号を提供して不動産登記を申請したときは、受付はされるが、その法人登記が完了するまで不動産登記を処理することはできないとしています。

したがって、商業登記の申請直後に会社法人等番号方式で不動産登記を出しても、処理は商業登記の完了待ちになります。企業実務としては、商業・法人登記の変更内容が確認できる状態になってから不動産登記を進めるほうが見通しが立ちやすいでしょう。ただしこれは法定の順序ではなく、進め方の問題です。急ぐ事情がある場合は、作成後3か月以内の登記事項証明書を提供する方式であれば法人登記の完了にかかわらず処理されるとされているため、どちらの方式を採るかを含めて検討することになります。

複数の土地・建物はまとめて申請できるか

申請情報は、登記の目的および登記原因に応じ、一の不動産ごとに作成して提供するのが原則です（不動産登記令第4条本文）。同条ただし書は、同一の登記所の管轄区域内にある二以上の不動産について申請する登記の目的・登記原因およびその日付が同一であるときなどに例外を認めています。

さらに、不動産登記規則第35条第8号は、同一の登記所の管轄区域内にある一または二以上の不動産について申請する二以上の登記が、いずれも同一の登記名義人の氏名・名称または住所についての変更の登記または更正の登記であるときを、一の申請情報によって申請することができる場合として定めています。これは登記の目的・原因・日付の同一性を要件とする一般ルールとは別の特則であり、同じ法人についての名称・住所の変更登記であれば、登記原因やその日付が異なる場合でも一の申請情報でまとめられる余地があります。物件ごとに変更の経緯が違う法人にとっては、実務上の負担を大きく左右する点です。

法務局の記載例も、土地1筆と建物1個について1通の申請書で申請する形になっており、登録免許税は2,000円と記載されています。

図2：複数不動産・複数管轄の整理イメージ

オンライン申請は、登記・供託オンライン申請システムの申請用総合ソフトを利用します。電子証明書を持っていない場合でも、同ソフトで申請書を作成し、その情報をインターネット経由で送信するQRコード（二次元バーコード）付き書面申請という形態が用意されています。なお、商業・法人登記のオンライン申請とは別の手続です。

登録免許税はいくらか

法務局の記載例は、登録免許税は土地または建物1個につき1,000円としています。申請件数ではなく、対象となる不動産の個数で計算します。

納付は、収入印紙を貼り付けた用紙または現金納付の領収書を貼り付けた用紙を申請書と一括してつづり、つづり目に契印をする方法によります。

自主申請とスマート変更登記、どちらを選ぶか

2026年現在、旧表示を発見したら必ず自主申請、というわけではありません。所有権の登記事項として会社法人等番号が登記されている物件は、登記官が職権で変更登記を行う対象になり得ます。以下は法的な区分ではなく、企業実務上の判断軸です。

売却や抵当権抹消の手続では、現在の住所等と登記簿上の住所等が一致している必要があります。法務省の案内でも、登記簿上の表示がまだ変更されていない段階でこれらの手続をする必要がある場合には、別途自ら変更登記を申請する必要があるとされています。職権登記の対象であっても、取引が先に来るなら自社で申請するという判断になります。

自社で申請するか、司法書士に依頼するか

これも法的な区分ではなく、実務上の判断材料です。自社で対応しない場合は、不動産登記の申請代理を専門業務として扱う司法書士に依頼する方法があります。

複数回の本店移転・商号変更がある場合

登記記録上の表示が何代も前のものであっても、申請自体は現在の表示に向けて行います。法務局の記載例は、原因の日付について数回変更している場合は最後に変更した日を記載するとしています。

ただし、前述のとおり、変更の経緯を何で証明するかが論点になります。会社法人等番号の提供で足りる場合と、閉鎖事項証明書等が必要になる場合があり、その分かれ目は閉鎖事項証明書に記載された会社法人等番号が現在のものと同じかどうかです。古い会社ほど確認に時間がかかるため、スケジュールには余裕を見てください。

登記完了後に確認すること

まとめ

ここまでが基本形です。直近の変更で、履歴が明確で、突合も容易なケースであれば、この流れで処理できます。問題は、何年も放置されてきた旧表示、複数回の変更、閉鎖登記記録まで遡る必要があるケースです。次の記事では、その過去未了案件の処理を扱います。

よくある質問（FAQ）

参考資料・一次資料

本記事は2026年8月27日時点で公開されている法令および法務省・法務局の資料に基づく一般的な情報提供です。申請書の様式・添付情報・手数料等は変更されることがあります。個別の申請にあたっては、対象不動産を管轄する登記所または司法書士にご確認ください。